In de Thomastsjerke bevindt zich een preekstoel uit de zeventiende eeuw. Deze preekstoel is, zoals in meer kerken in Friesland het geval is, gesneden met gecanneleerde Ionische zuilen op de hoeken en met een boogvormige omlijsting rond de panelen.

In de jaren 1977 en 1978 is de kerk gerestaureerd door de stichting Alde Fryske Tsjerken. Voor de restauratie stond de preekstoel tegen de oostzijde van  de koormuur. Tijdens de restauratie werd de preekstoel verplaatst naar zijn oorspronkelijke plaats aan de zuidzijde. Hierdoor kreeg de preekstoel een minder overheersende plaats in het kerkgebouwen kwam het koor vrij, waardoor het gebouw zich gemakkelijker laat gebruiken voor andere activiteiten, zoals de viering van het avondmaal, het houden van concerten en andere uitvoeringen. De preekstoel is van omstreeks 1650 en gemaakt van eikenhout.
De vloer in de kerk is belegd met plavuizen (estriken). Vlak voor de kansel ligt een grafsteen. Deze grafsteen, met een nauwelijks leesbaar laatgotisch opschrift, lag ooit in twee delen aan de buitenzijde van de kerk.

Naast de zeventiende eeuwse preekstoel bezit de kerk een gesmeed ijzeren doopvontstander en een gesmeed ijzeren doophek. Deze doopvontstander is afkomstig van het doophek in de kerk van Mildam en heeft een nieuwe poot in oude vorm gekregen .

Aan de koormuur hangt een psalmbord uit de achtiende eeuw.

Bij de restauratie zijn de kerkbanken vervangen door stoelen.

Van oudsher bevond zich in de kerk geen orgel. Dit ervoer men toch wel als een gemis. Door middel van een geldactie onder de bevolking kon er in 1982 op de galerij een klein, maar fraai orgel geplaatst worden. Het orgel werd gebouwd door de Groninger orgelbouwer Mense de Ruiter. Onder de orgelgalerij staan herenbanken.

Bron: Katlijk door de eeuwen heen. Uigave Plaatselijkbelang Katlijk