De Thomastsjerke wordt beheert door de Stichting Alde Fryske Tsjerken. Omdat steeds meer monumentale kerkgebouwen hun oorspronkelijke functie verliezen, wil de Stichting Alde Fryske Tsjerken voorkomen dat ze verdwijnen. Ze doet dat door in bijzondere gevallen rijksmonumentale kerken over te nemen van kerkelijke gemeenten en die te onderhouden. Daarnaast organiseert de stichting allerlei activiteiten om aandacht te vragen voor het (behoud van) cultureel en kerkelijk erfgoed in Fryslân.

Het dagelijks bestuur van de Thomastsjerke is in handen van een plaatselijke commissie.